Em 1814, D. Diogo de Souza, 1° Governador da Capitania Geral do Rio Grande, e Luis Teles da Silva, depois Marquês de Alegrete, iniciaram as doações de sesmarias (é 1 légua de campo de frente por 3 de fundo) no atual município de Quaraí.
É este o tempo das lutas contra José Gervásio Artigas, o idealizador da independência da Banda Oriental, atual República Oriental do Uruguai.
Em nove anos de doações de sesmarias, 42 estancieiros foram os primeiros proprietários dos 3.238 Km², que formam a área do nosso município. Entre estes pioneiros encontrava-se o paulista de Sorocaba, comprador de mulas, João Batista de Castilhos, que além da sesmaria recebida comprou outra, que fora concedida a José Joaquim de Melo, e parte deste campo é hoje a cidade de Quaraí.
A estância de João Batista prosperava, era o tempo das guerras de Indepedência no Prata, iniciadas em 1810. Quando os "Saladeiros" desta região entram em decadência, sendo o gado contrabandeado para as "charqueadas" riograndenses. Os proprietários de terra formavam a elite política do Rio Grande do Sul e serão os líderes da Revolução Farroupilha. Quaraí é o berço do último combatente farroupilha e aqui iniciou o derradeiro combate, que extendeu-se até o local denominado Quaró no departamento de Artigas, em dezembro de 1844.
Em 1816, o Comandante José de Abreu acampa junto à margem direita do rio Quaraí e com seus 200 homens impede que as tropas do General Artigas aqui se estabeleçam. E assim tem origem o povoamento urbano.
Em 1858 comandava esta Guarnição o Tenente Coronel Simeão Francisco Pereira, quando aqui chegou o engenheiro e matemático, José da Victória Soares Andréa, que integrava a comissão de demarcação dos limites entre Brasil e o Estado Oriental do Uruguai, e traça a planta para a futura freguesia.
EVOLUÇÃO POLÍTICO / ADMINISTRATIVO
FREGUESIA - A lei provincial n° 442 de 15 de dezembro de 1859. Criava no 2° Distrito de Alegrete, a Freguesia de São João Batista de Quaraí.
O 1° Vigário foi o Padre Augusto Martins da Cruz Jobim, apresentando por Carta Imperial, de 17 de janeiro de 1858 e, confirmado canonicamente em 25 de março de 1863.
Na época o Passo do Batista, local conhecido por esta denominação a atual cidade de Quaraí, tinha um oratório com a imagem de São João Batista no local onde hoje é a Igreja Matriz.
A referida imagem veio da Bahia e era pintada a ouro. Foi encomendada por João Batista de Castilhos. Ao lado deste oratório ficava a casa, com teto de capim, que pertencia ao Capitão Bernardo José Maurício de Souza, na qual o Padre de Alegrete celebrava missas e batizados, quando vinha visitar a povoação.
VILA - A freguesia de São João Batista do Quaraí é elevada a condição de vila, por lei n° 972 de 8 de abril de 1875. Esta data assinala a emancipação do 4° Distrito de Alegrete, assim designado desde o ano de 1871.
A instalação do poder legislativo registrada em 16 de outubro de 1875 é que realmente transforma Quaraí em vila.
A lei imperial de 1° de outubro de 1828 estabelecia que as cidades teriam 9 vereadores e as câmaras das vilas seria seria de 7 membros, também atribuia ao mais votado o direito de exercer a função de poder executivo.
A primeira Câmara Municipal de Quaraí assim ficou constituida: Presidente:
Severino Antônio da Cunha Pacheco;
Florêncio José Carneiro Monteiro;
Domingos Vaz Martins;
Iquibaurgio Rodrigues de Almeida;
Antônio da Costa Siqueira;
José Severo.
CIDADE - O ato n° 150 de 26 de março do ano de 1890, transforma a vila de São João Batista do Quaraí em cidade.
A presença dos poderes executivo e judiciário além do já existente legislativo é que dão condições para a vila elevar-se a categoria de cidade.
O 1° Prefeito de Quaraí foi o Senhor Francisco de Macedo Couto, que renunciou ao mandato de 4 anos, em 1892, por motivos políticos. Era eminente a eclosão do movimento revolucionário, que realmente iniciou em 5 de fevereiro de 1893, após a conclamação de Joca Tavares, em Bagé e que ficou na história com o nome de Revolução Federalista. Como legado desta revolução ficou em Quaraí a figura do maragato, que por um século é o santo popular de Quaraí. Seu heroísmo virou lenda e aumentou a devoção, principalmente dos menos favorecidos socialmente.
DISTRITOS E SUB-DISTRITOS
Para esclarecimento, quanto à divisão territorial do município de Quaraí, faremos as seguintes colocações:
A palavra "termo" tem origem nas ordenações manuelinas do ano de 1514, que estabelecia as normas para criação de vilas. Estas vilas, quando criadas no sertão, deveriam ficar 6 léguas de distância uma da outra, e as sedes distassem 3 léguas de seus respectivos limites, isto é, dispusessem 3 léguas de termo, dentro do qual não se poderia criar nova vila. Portanto , a palavra "termo" equivale a limite.
A palavra "termo" aparece no decreto imperial n.º 8.184 de 9 de julho de 1881, que criava o lugar de Juiz municipal e de órfãos no termo de São João Batista de Quaraí.
Após a subdivisão do município de Quaraí, feita no ano seguinte a emancipação desta área é feita através do ato municipal n.º 18 de 20 de setembro de 1896 que assim determinou os três distritos: Quaraí, Inhanduí e São Rafael.
Em 5 de maio de 1940, o decreto lei municipal n.º 2 estabeleceu os novos limites do município (onde perdemos alguns hectares em favor de Sant´Ana do Livramento) e os das zonas em que se subdivide o município. Estes limites são os mesmos estabelecidos pelo decreto n.º 7.589 de 29 de novembro de 1938 e assim denominados: 1ª zona Quaraí, 2ª zona Minuano (antes denominado de Inhanduí) e 3ª zona de São Rafael.
Em 29 de dezembro de 1944, o decreto lei n.º 720 estabelecia a nova divisão administrativa e judiciária do Estado, pela qual o município contaria com apenas um distrito, passando as zonas a denominarem-se subdistritos.
